A trama é focada em um excêntrico samurai, Gintoki Sakata que ajuda um adolescente chamado Shinpachi Shimura salvar sua irmã Tae a partir de um grupo de alienígenas que querem torná-la parte de um bordel . Impressionado com Gintoki, Shinpachi torna-se seu aprendiz e trabalha com ele como um freelancer , a fim de pagar o aluguel mensal onde vive Gintoki, bem como saber mais sobre ele.
Os dois resgatar uma garota alienígena adolescente chamado Kagura de um grupo de Yakuza que queria usar sua força sobre-humana para matar pessoas. Kagura junta Shinpachi e Gintoki para trabalhar como freelancers e os três ficou conhecido como "Yorozuya" ( "Nós fazemos tudo").
Ao fazer o seu trabalho se deparam com as forças policiais Shinsengumi várias vezes, que normalmente se aliar com Gin Odd Jobs em seu trabalho, uma vez que geralmente envolvem criminosos perigosos. Eles também vêm para atender a antigos camaradas Gintoki durante a invasão Amanto, incluindo o terrorista Kotaro Katsura , que mantém uma relação amigável com eles, apesar de suas ambições de destruir o bakufu.
Por outro lado, Shinsuke Takasugi actua como um antagonista principal ao longo da série, como ele quer destruir o bakufu de uma forma mais violenta que Katsura faz.
